北京同仁堂股份有限公司经营分公司是股份公司的核心经营企业，成立于1997年，前身是北京市药材公司业务一科。现有职工187人，包括副主任药师、执业药师、主管药师、中药师、药士等90多名。公司拥有一支高素质的营销队伍，分布在13个销售区域，全国共设有29个办事处。经营分公司目前设有5部一室，采用进销存计算机系统对经营流程进行全方位的管理，高效、规范。
2014年6月，经营分公司顺利地完成了新版GSP的换证验收工作，成为北京市首家通过新版GSP验收的医药企业。经营范围包括中成药、中药材、保健食品，其中中成药剂型范围包括，丸剂（蜜丸、水蜜丸、水丸、浓缩丸、糊丸）、酒剂、散剂、颗粒剂、合剂、口服液、胶囊剂、滴丸剂、片剂、糖浆剂、膏药等多种剂型，中成药种类众多，涵盖心脑血管类、妇科类、儿科类、清火类、呼吸系统类、补益安神类、消化系统类、祛风湿类、骨伤科类、五官类、皮肤外科类11大类别，有批准文号品种535个。同仁堂十大王牌品种中股份公司占9个：安宫牛黄丸、局方至宝丸、同仁牛黄清心丸、同仁大活络丸、同仁乌鸡白凤丸、再造丸、紫雪散、国公酒、壮骨药酒。其中拥有安宫牛黄丸、同仁牛黄清心丸、同仁大活络丸、同仁乌鸡白凤丸、国公酒五个上亿元品种。同仁堂十大名药股份公司占7个：消栓再造丸、偏瘫复原丸、塞隆风湿酒、京制咳嗽痰喘丸、骨刺消痛液、狗皮膏、儿童清肺口服液。
经营分公司以优秀的企业文化和品种群优势作为企业的营销策略，以“研究品种做终端”为经营理念，现已形成完善的终端营销网络和商业渠道网络，网络遍及全国33个省市自治区（除西藏自治区），拥有280余个一级经销商，并在全国所有同仁堂药店已实现股份公司品种全覆盖。近年来经营分公司销售额连续以每年15%的速度增长，截至2015年销售规模已达24亿元。